二十一世紀ＣＯＥプログラム委員会は、平成十六年度に受け付けた三百二十件の申請について、審査結果を公表した。採択件数は二十八件。うち私立大学は四件。申請件数では、私学が百三十件で全申請件数の四〇・六％を占めたが、採択件数では国立が八二・一％となる二十三件で、私学は全採択件数のわずか一四・三％にとどまった。
　平成十六年度は、大学全体の継続的な構造改革を図る上での同プログラムの重要性などにかんがみ、革新的な学術分野の開拓を目指す研究教育拠点形成に限定して、重点的に支援を行う、としている。今年度採択分にかかる予算は、三十一億円。