政府は平成二十一年十二月二十二日、平成二十二年度税制改正大綱を決定した。このうち文部科学省関係の改正事項の内､主なものは次の通り｡
　寄附文化醸成に向けた寄附税制の拡充（所得税）では寄附金控除の適用下限額を現行の五千円から二千円に引き下げる。少額寄附者の裾野拡大が目的。生命保険料控除等と同様に、寄附金控除を年末調整の対象とし、手続きの簡素化を図ることに関しては、執行面の問題等を市民公益税制プロジェクトチームで検討する。同ＰＴでは、寄附税制や公益活動を担う法人（ＮＰＯ法人や公益法人など）に係る税制を専門的・総合的観点から検討することにしており、平成二十二年四月末には成果を得る方針。
　寄附税制ではまた、給付型奨学金事業を行う民間団体への寄附金に係る税額控除制度の創設（所得税）を求めていたが、特定の団体への寄附のみを税額控除化することの適否を、同ＰＴで検討することになった。このほか、研究開発力強化法に基づく研究開発法人への寄附金に係る指定寄附金制度創設（所得税、法人税、法人住民税、事業税）を求めていたが、これも同ＰＴで検討する。
　一方、教育費負担の軽減では、高校就学支援金の創設に伴う非課税措置等（所得税、国税徴収法、住民税〈徴収規定〉）については非課税とすること、滞納処分による差し押さえを禁止することが確認された。また家庭の教育費負担の軽減に資する特定扶養控除（所得税、住民税）に関しては、平成二十二年度において、高校無償化実施に伴い十六歳から十八歳までの特定扶養親族に対する控除の上乗せ部分（所得税二十五万円、住民税十二万円)を廃止｡適用となるのは所得税が平成二十三年度分から、住民税は平成二十四年度分から。これらの見直しで現行よりも負担増となる家計については適切な対応を検討することにしている。
　このほか研究開発促進税制（法人の試験研究費の増額等に係る税額控除制度の上乗せ措置）の適用期限を二年延長するなどが決まった。